Build a tree

1.這次老師教的軟體是先利用Bioedit先編輯與align不同species的sequence，之後再用phylip-3.69去做親緣關係的比對並劃出生物樹，可以用來比較不同物種之間的關係。以下是流程圖：

2.首先先開啟Bioedit的程式，接著匯入老師給我們當範本的SEQ1~10的檔案。

3.點選Accessory Application"  >  "ClustalW Multiple Alignment，執行後會將10個不同的sequence進行align的比對，並排列出順序。

4.將序列存檔成"phylip"格式的檔案，儲存在exe的資料夾裡面。

5.用記事本打開檔案，可以看到序列會依照整理過後的方式排列。下次建tree時可以打開此檔案。

6.在exe的資料夾中選擇seboot的軟體，打開剛剛儲存infile的檔案匯入，操作如下:

操作完回得到一個outfile，要改成infile-1才可以繼續往下操作。

7.接著一樣在exe的資料夾中找到protdist的軟體，匯入剛剛改成infile-1的檔案，操作如下:操作完成後一樣會得到一個outfile的檔案，再改成infile-2往下操作。

8.在exe的資料夾中打開neighbor的軟體匯入剛剛infile-2的檔案，操作完後會得到兩個檔案:oufile和outtree。把outtree改成intree，快完成樹囉~~~~~!!!!!

9.在exe的資料夾中找到consense的軟體匯入intree的檔案，就出現最後最後的outtree囉~~~~

10.打開treeview的軟體匯入剛剛outtree的檔案，如此一來tree就完成了!!!!!!可以比較這十個amino acid sequence的親緣性了~~~

NCBI application on target gene, csrA

1.這次老師介紹的網站是NCBI，以下為網址:http://www.ncbi.nlm.nih.gov/

2.輸入我研究的Helicobacter pylori之csrA gene，csrA gene encode出的protein為CsrA(碳源調節蛋白)。CsrA是一個RNA-binding protein, 作為global regulator目前已知CsrA會影響細菌的glucose metabolism. quorum sensing.pathogenesis以及我們感興趣的會影響細菌的motiltiy。

搜尋結果找到兩個我研究的strain J99 and 26695，找到jhp1335和HP1442。

3.點選HP1442的選項後，可以看到這個基因的相關資訊.完整序列和與上下游基因之關係。

4.接著將csrA gene輸入CLC sequence和Vector NTI,可以看到序列上的restriction enzyme cutting site。

DisGeNET於研究上的應用

1. DisGeNET網址:

http://www.disgenet.org/web/DisGeNET/v2.1/home

DisGeNET是一個線上資料庫，可以利用已知基因或是輸入疾病去搜尋相關文獻資料。

因為我的研究主題主要是幽門桿菌的標準菌株26695，此菌株是1997年於gastritis的英國病人胃部所分離出來的，所以我選擇輸入跟幽門桿菌相關的疾病- Helicobacter-associated gastritis來做資料庫的應用。

2. 在搜尋Helicobacter-associated gastritis的結果中，首先出現的是與此疾病最相關的10個基因。大部分都是和發炎反應有關的cytokine or chemokine，像是IL8 .TNF. CXCL5. CCL20. CXCL9。另一部分是跟細菌感染有關的immune response receptor,像是TLR4和CAV1。 

3. 結果的分析也有列出10個和Helicobacter-associated gastritis相關的疾病，大部分都是和inflammation或是cancer有關的disease,像是感染H. pylori進程中最嚴重的stomach carcinoma.其他像是obesity.neoplasm malignant也有可能相關。

4.  我覺得這個database很棒的地方是:除了列出相關的疾病和基因之外，還有列出相關的paper文獻讓我們能更touch the point ，可以找到最相關的文獻，節省找paper的時間。

5. 在按下Browse details的選項作進階搜尋後，網站會幫我們以表格的方式，整理出不同基因的pathway和分類出protein class，以及提供P value 作為相關性的參考。總結一下對使用DisGeNet網站的心得，雖然覺得不能用在搜尋原核生物的基因作搜尋，但是也可以增加我們對跟致病菌相關疾病的了解。