DisGeNET於研究上的應用

1. DisGeNET網址:

http://www.disgenet.org/web/DisGeNET/v2.1/home

DisGeNET是一個線上資料庫，可以利用已知基因或是輸入疾病去搜尋相關文獻資料。

因為我的研究主題主要是幽門桿菌的標準菌株26695，此菌株是1997年於gastritis的英國病人胃部所分離出來的，所以我選擇輸入跟幽門桿菌相關的疾病- Helicobacter-associated gastritis來做資料庫的應用。

2. 在搜尋Helicobacter-associated gastritis的結果中，首先出現的是與此疾病最相關的10個基因。大部分都是和發炎反應有關的cytokine or chemokine，像是IL8 .TNF. CXCL5. CCL20. CXCL9。另一部分是跟細菌感染有關的immune response receptor,像是TLR4和CAV1。 

3. 結果的分析也有列出10個和Helicobacter-associated gastritis相關的疾病，大部分都是和inflammation或是cancer有關的disease,像是感染H. pylori進程中最嚴重的stomach carcinoma.其他像是obesity.neoplasm malignant也有可能相關。

4.  我覺得這個database很棒的地方是:除了列出相關的疾病和基因之外，還有列出相關的paper文獻讓我們能更touch the point ，可以找到最相關的文獻，節省找paper的時間。

5. 在按下Browse details的選項作進階搜尋後，網站會幫我們以表格的方式，整理出不同基因的pathway和分類出protein class，以及提供P value 作為相關性的參考。總結一下對使用DisGeNet網站的心得，雖然覺得不能用在搜尋原核生物的基因作搜尋，但是也可以增加我們對跟致病菌相關疾病的了解。