上個禮拜梁博士教的軟體是VMD(Visual molecular dynamics)，中文是視覺分子動力軟體。VMD的優點是利用3D繪圖和內建資料庫，可針對大型二分子系統提供顯示、動畫和分析功能。以下會利用VMD的軟體來建構一個被水分子包圍的蛋白質分子。
Step1. 首先，在RCSB Protein data bank的網站上搜尋一個想要分析的蛋白質分子。我的研究主題跟幽門桿菌的CsrA蛋白相關，但是在幽門桿菌的部分CsrA蛋白尚未被解出3D結構，所以我選擇homology相似的E.coli 的CsrA蛋白來做VMD的應用。
Step2. E.coli 的CsrA蛋白在PDB的代號是1Y00，接著下載其結構格式為PDB files。
Step3. 將事先下載好的VMD軟體打開，點選File > New Molecular>Browse(點選在PDB下載的file: 1Y00) > Load。此時軟體會display CsrA蛋白的3D結構。
Step4. 一開始可以更改display的方式，先點選Graphics > Representations > 將drawing method改為NewCartoon > Apply。
Step5. 點選Extensions > Modeling > Automatic PSF Builder > Load input files > Guess and split chains using current selections > I 'm feeling lucky 。接著會跑出1Y00_autopsf.psf的file。
Step6. 點選Extensions > modeling > Add Solvation Box > 打勾Rotate to minimize volume的選項 > Box Padding 設定Min: X=5, Y=5, Z=5 ；Max: X=15, Y=15, Z=15 > Solvate 。接著會跑出solvate.psf的file。在display的3D圖形中可以看到CsrA蛋白分子周圍被水分子包圍形成像box的分子模型。
Step7. 點選Extensions > Modeling > Add Ions > Iron placement mode的預先設定是使用NaCl做neutralize > Autoionize 。接著會出現ionized.psf的file 。
使用VMD的軟體經過以上步驟就可以完成在蛋白質分子的周圍加上水分子的應用囉!!!!!
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