PyMol動畫製作

這次PyMol系列課程由王淑鶯老師主課，老師教我們先用RSCB data bank找出有興趣的蛋白，再用PyMol軟體立體繪圖及製作動畫。我主要研究的主題是幽門桿菌H. pylori 的CsrA蛋白，但是幽門桿菌的CsrA蛋白尚待結構發表，因此我選擇研究最為廣泛的大腸桿菌E. coli CsrA來做結構的探討。

1.首先先進入RSCB data bank的網頁(http://www.rcsb.org/pdb/home/home.do#Category-welcome)搜尋CsrA蛋白，選擇的species是E. coli 。

2. E.coli的CsrA蛋白代號是1Y00，可以看到右下角是CsrA蛋白的3D立體結構卡通圖。網站有整理出發表的文獻和作者解結構使用的方法是NMR。

3.簡單介紹一下CsrA蛋白，是一個RNA binding protein，結構為dimer form。蛋白2級結構為5個beta-sheet加1個alpha-helix。CsrA主要的角色是global regulator，在E.coli的model中已經廣泛被報導和細菌醣類代謝相關，更重要的是會影響細菌的virulence factor和pathogenesis，例如: motility. biofilm合成...等。

4.打開PyMol軟體，從Plugin → PDB Loader Service → 輸入1Y00，載入CsrA結構。

接著Hide everything>Show cartoon

5.改變結構的顏色，輸入指令: 

color gold, chain A>color red, chain B

從Display把background改成白色，按右鍵Ray讓圖像更清晰

按右下角的S可以顯示出序列

6.練習計算蛋白電性。

Action →  generate → vacuum electrostatics → protein contact potential (local)
(紅色: 負電 / 白色: 中性 / 藍色: 正電)

藍色的地方可能是CsrA結合目標RNA的binding sites。

7.最後製作CsrA蛋白360旋轉的動畫，指令如下:
 (1)定義動畫：mset 1 x120

 (2)設定旋轉360度的120個動畫:util.mroll 1,120,1
 (3)打開光線追蹤:set ray_trace_frames=1
 (4)將動畫動畫的圖片保存成編號的PNG檔案：mpng mov 

 (5)想要標定某個位置，先將原始圖存成F1>program>Y roll>8sec

 (6)標定想要呈現的位置，我標定的是CsrA的RNA binding site R44的位置

 label residue>將圖片存成F2>program>steady>2sec

 (7)將F1和F2的動畫圖片儲存PNG檔案

 (8)打開Movie Maker，將所有圖片匯入製成影片，每張圖片設定播放時間為0.05秒。